Описание пространственной структуры Метионил-тРНК синтетазы по данным PDB, код 1f4l

Метод определения структуры: рентгеноструктурный анализ
Разрешение: 1,85 Å
Диаметр белка: 99 Å, 99*10^-10м, 49*10^-4 длины бактерии E.coli

На рисунке изображена структура белка. Полипептидная цепь показана красным, лиганды зелёным и оранжевым (метионин и цинк соответственно).
По-моему очень похоже на морского конька.

load H:\Term1\CreditWorks\Credit2\1f4l.pdb
script H:\Term1\CreditWorks\Credit2\1f4l.def
rotate x -90
rotate z -10
rotate y 20
center ligand1
zoom 85
pause

select ligand1
color green
wireframe 200
echo "FIRST LIGAND - METHIONINE"
pause

wireframe 100 

select Zn
color orange
spacefill
echo "SECOND LIGAND - ZINK"
pause

select belok
color red
wireframe off
backbone 60
echo "PROTEIN - METHIONYL-TRNA SYNTHETASE"
pause

rotate y -90
pause

zoom 700
select ligand1
color cpk
wireframe 100
select belok
backbone 10
echo "FRONT"
pause

select zone1a
color cpk
cpk 100
echo "ATOMS, THAT IS NEAR METHIONINE ( LESS THAN 3.5A)"
pause

select zone1
color blue
wireframe 50
select zone1a
color cpk
cpk 100
echo "THEY BELONG TO THIS STRUCTURES"
pause

select zone2A
color cpk
cpk 150
echo "THIS ATOMS CAN CREATE H-BONDS"
pause 

select Zone2
wireframe 85
color cpk
select zone2A
color cpk
cpk 150
echo "THEY BELONG TO THIS STRUCTURES"
select asp52:a.o or leu13:a.cb or tyr260:a.o or met601.ce
label %n%r
pause

select not(zone2) and zone1
cpk off
wireframe off
backbone 10
color red
select HOH43
cpk off
select 50-51 or 53-54 or 11-12 or 14-15
backbone 20
color purple
pause

select tyr260:a.o
label off
select 260a
wireframe off
color red
cpk off
echo "IN THIS CASE CONNECTION BETWEEN ATOMS OF OXYGEN AND NITROGEN IS MORE LIKELY" 
select asp52a.od1 or met601.n or leu13a.o
cpk 200
label %a
pause

select leu13:a.cb or asp52:a.o
label off
select met601.ce or asp52:a.od2 or leu13:a.cb
label %n%r
rotate y 90
echo "LEFT"
pause
select met601.ce or asp52:a.od2 or leu13:a.cb
label off
select leu13:a.cd1 or met601.ce or asp52:a.c
label %n%r
rotate x 90
echo "UP"
pause
rotate x -90
rotate y -190
echo "RIGHT"
select leu13:a.cd1 or met601.ce or asp52:a.c
label off
select leu13:a.cd1 or met601.cg or asp52:a.od2
label %n%r
pause

select leu13:a.cd1 or met601.cg or asp52:a.od2
label off
rotate y 60
rotate x 40
select asp52:a.n or leu13:a.cd2 or met601.o
label %n%r
bond 4449 397 + 
bond 4449 70 +

echo "TA DAAA"

Это скрипт, показывающий положение лигандов и область взаимодействия метионина.Файлы 1f4l.pdb и 1f4l.def — файл со структурой белка, дополнительный скрипт соответственно.